Genomic Characterization and Antimicrobial Resistance of ESBL-Producing, Escherichia coli Isolates in Suzhou, China
Notice bibliographique
Résumé
Background: The prevalence of third-generation cephalosporin-resistant and extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) producing Escherichia coli poses a significant global public health concern due to their resistance to multiple antibiotics; however, their prevalence and epidemiological patterns in China are not very well investigated. Objective: This study aimed to investigate the molecular epidemiology, and antimicrobial susceptibility of ESBL-producing E. coli among clinical isolates in China. Methods: Phenotypic ESBL-producing E. coli isolates were collected from in-patients at a non-tertiary hospital in Suzhou from 2018.06.01 − 2019.11.30. All isolates were identified and analyzed by conventional microbiological methods, and antimicrobial susceptibility testing was determined. Genes associated with resistance to β -lactamases, fluoroquinolone, aminoglycosides, sulfonamides, sequence types (STs), and genetic relationship were characterized through whole-genome sequencing (WGS) data. Results: Eighty-six isolates were collected and sequenced, and genomic analysis identified twenty-five different sequence types (STs). The most prevalent STs were ST131 (n=22, 25.6%), ST1193 (n=16, 18.6%), ST38 (n=9, 10.5%) and ST167 (n=6, 7.0%). bla CTX-M genotypes were the most dominant, comprising a variety of subtypes (eg, bla CTX-M-14, bla CTX-M-15, bla CTX-M-27, bla CTX-M-55) and bla TEM-type among ESBL-producing E. coli in our study. All cases of co-carriage of β -lactamase genes showed a strong link to amoxicillin/sulbactam resistance, while the co-carriage of bla CTX-M-15/TEM-1B or bla CTX-M-15/OXA-1 were strongly linked to resistance against cefepime, ceftazidime, and aztreonam. In addition, genes associated with resistance to fluoroquinolone, aminoglycosides, and sulfonamides were also detected. Conclusion: Our findings highlighted the prevalence of globally circulating ESBL-producing E. coli clones, such as ST131 and ST1193, in Suzhou, China. These clones and sublineages are also resistant to quinolones. No predominant bla CTX-M subtypes were detected, while the coexistence of different ESBL types was strongly linked to resistance to amoxicillin/sulbactam, cefepime, ceftazidime, and aztreonam, suggesting the widespread circulation of diverse bla CTX-M genes within the Suzhou community. In clinical cases of ESBL resistance, carbapenem therapy is recommended as most (> 90%) isolates were susceptible. Keywords: antimicrobial resistance, Escherichia coli , extended spectrum β -lactamase, whole-genome sequencing
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».