Inhibitory effects of bioactive molecules against nonstructural protein (NSs) of Rift Valley Fever Virus (RVFv): A molecular modeling study
Notice bibliographique
Résumé
Rift Valley fever (RVF), a vector-borne zoonotic disease caused by the Rift Valley Fever Virus arbovirus (RVFv), has had a significant impact on livestock and poses a risk to human health. This RNA virus belongs to the Bunyaviridae family of the genus Phlebovirus . Limited treatment options are available for this mosquito-borne RVF disease. The non-structural protein (NSs) has emerged as one of the prominent drug targets due to its role in mediating the innate immune antagonism of RVFv. In the present study, we evaluated the inhibition potencies of phytochemicals derived from three species of holy basil ( Croton bonplandianus , Ocimum gratissimum, and Ocimum tenuiflorum ) as potential inhibitors against NSs of RVFv by employing integrated molecular modeling approaches. A total of 1269 natural compounds were manually curated based on an extensive literature survey. After the removal of duplicate entries, a total number of 339 non-redundant compounds were considered for the virtual screening. Out of 339, four molecules, ursolic acid (−7.9 kcal/mol), apigenin-7-o-glucuronide (−7.3 kcal/mol), cynaroside (−7.2 kcal/mol), and stenocereol (−6.7 kcal/mol), were shortlisted as the top-ranked molecules based on their binding affinity values, molecular interaction patterns, and molecular weight. These shortlisted molecules were found to have higher negative binding energies than the positive control, lactacystin (−5.7 kcal/mol). The dynamic behaviours of these top-ranked complexes were evaluated using state-of-the-art all-atoms molecular dynamics simulations over a time scale of 300 nanoseconds which affirms stable interaction patterns with NSs at the atomic level. Moreover, the principal component analysis (PCA) further supports strong interactions and positive correlations between these top-ranked molecules and NSs protein. Overall, these screened potent phytochemicals can be utilized as therapeutics against RVFv after in - vitro and in - vivo experimental validation, which may pave the way for the development of effective inhibitors targeting non-structural proteins of RVFv.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».