Phylogenomic resolution of marine to freshwater dinoflagellate transitions
Notice bibliographique
Résumé
Dinoflagellates are an abundant and diverse group of protists that inhabit aquatic environments worldwide. They are characterized by numerous unique cellular and molecular traits, and have adapted to an unusually broad range of life strategies, including phototrophy, heterotrophy, parasitism, and all combinations of these. For most microbial groups, transitions from marine to freshwater environments are relatively rare, as changes in salinity are thought to lead to significant osmotic challenges that are difficult for the cell to overcome. Recent work has shown that dinoflagellates have overcome these challenges relatively often in evolutionary time, but because this is mostly based on single gene trees with low overall support, many of the relationships between freshwater and marine groups remain unresolved. Normally, phylogenomics could clarify such conclusions, but despite the recent surge in data, virtually no freshwater dinoflagellates have been characterized at the genome-wide level. Here, we generated 30 transcriptomes from cultures and single cells collected from freshwater environments to infer a robustly supported phylogenomic tree from 217 conserved genes, resolving at least seven transitions to freshwater in dinoflagellates. Mapping the distribution of ASVs from freshwater environmental samples onto this tree confirms these groups and identifies additional lineages where freshwater dinoflagellates likely remain unsampled. We also sampled two species of Durinskia, a genus of "dinotoms" with both marine and freshwater lineages containing Nitzschia-derived tertiary plastids. Ribosomal RNA phylogenies show that the host cells are closely related, but their endosymbionts are likely descended from two distantly-related freshwater Nitzschia species that were acquired in parallel and relatively recently.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».