Complete Genome Sequence Resources for <i>Pseudomonas syringae</i> Strains 508 and TLP2
Notice bibliographique
Résumé
Some naturally occurring isolates of the ubiquitous phytopathogen Pseudomonas syringae have been reported to be nonpathogenic despite sharing common pathology-associated genetic features. Here, we present the complete genome of two putatively nonphytopathogenic Pseudomonas strains, P. syringae strain 508 and P. syringae TLP2, which are members of Phylogroup 2c within the P. syringae species complex. Comparison with the closely related reference strain P. syringae pv. syringae B728a reveals at least two major structural rearrangements that are likely involved in bacteria–bacteria or bacteria–host interactions. One key rearrangement is the relocation of the pathogenicity island encoding the atypical variant of the type III secretion system (T3SS) to a location more than 270 kbp downstream, decoupling the genomic island from many genes in both the canonical conserved and exchangeable effector loci. This change coincides with a reduction of effector genes within the T3SS pathogenicity island and, more generally, a reduction of effector genes in the genomes of both nonphytopathogenic strains. Identification of regions of genetic mobility and novel targets using complete positional data will aid in the study of the genetic associations with phenotypic variability in phytopathology in P. syringae strains. [Formula: see text] Copyright © 2025 The Author(s). This is an open access article distributed under the CC BY-NC-ND 4.0 International license .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,020 | 0,024 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».