Exploring the long-term impact of organic amendments on restored quarry soil microbial communities by shotgun metagenome sequencing.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In quarries, human extractive activities degrade the soil’s physical and chemical qualities, affecting microbial communities. The application of organic amendments is known to improve the soil’s physical, chemical and biochemical properties, causing short-term changes in taxonomic composition and function of bacterial communities. The objective of this study is to determine the long-term effects of organic amendments applied to degraded quarry soils on the taxonomic composition and function of bacterial communities by shotgun metagenome sequencing (MGS). The study site is located in a limestone quarry in the Sierra de Gádor (SE, Spain). In 2018, five different organic amendments were applied to 15 experimental plots (three replicates per treatment): greenhouse waste compost (COHort), garden waste compost (COVG), WWTP sludge (SS), COHort+SS mixture, COVG+SS mixture and three unamended control plots (CON). Forty Stipa tenacissima L. Kunth plants were planted per plot. Five years after the amendments were applied, rhizosphere soil samples were collected for DNA extraction. Sequencing was performed on an Illumina platform and data analyzed using a custom Kraken2+MMseqs2 pipeline. Differential abundance tests were performed for important taxa/EC numbers/pathways and comparisons of richness and diversity (Kruskal-Wallis). The most abundant bacterial phyla in all samples were Proteobacteria, Actinobacteria, and Firmicutes. Five years after the incorporation of organic amendments, although clustering patterns were observed in the taxonomic distribution, no significant differences in richness and diversity were observed between treatments. This lack of significant differences suggests that after five years the bacterial composition could be influenced by factors such as bacterial dormancy and dispersal, “soil memory” or the influence of the plant on the rhizosphere microbiota. The restoration process seems to lead to a situation where soils present similar composition and diversity in terms of taxonomy, functions and metabolic pathways. This finding has important implications for the understanding of the long-term effects of soil management practices, highlighting the need to investigate the in-depth mechanisms behind this homogenization process.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».