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Enregistrement W4407882576 · doi:10.1242/dev.204511

Quantifying the relationship between cell proliferation and morphology during development of the face

2025· article· en· W4407882576 sur OpenAlexafffund
Lucas Lo Vercio, Rebecca M. Green, Andreas Dauter, Elizabeth C. Barretto, Marta Vidal‐García, Jay Devine, Marta Marchini, Samuel Robertson, Xiang Zhao, Anandita Mahika, M. Bilal Shakir, Sienna Guo, Julia C. Boughner, Heather L. Szabo‐Rogers, Wendy Dean, Arthur D. Lander, Ralph Marcucio, Nils D. Forkert, Benedikt Hallgrímsson

Notice bibliographique

RevueDevelopment · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensAlberta Children's HospitalUniversity of SaskatchewanAlberta Bone and Joint Health InstituteUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesInstitute of Musculoskeletal Health and ArthritisNational Institute of General Medical SciencesAlberta Children's Hospital Research InstituteUniversity of California, San FranciscoNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAlberta Children's Hospital FoundationNational Institutes of HealthCanada Research ChairsUniversity of PittsburghUniversities Space Research AssociationWestern Canada Research GridAlberta InnovatesCumming School of Medicine, University of CalgaryUniversity of CalgaryNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchCanada Foundation for InnovationCanadian Institutes of Health ResearchCompute CanadaChildren's Hospital FoundationLoyola University Chicago
Mots-clésMorphogenesisBiologyMorphometricsSegmentationCell biologyEmbryonic stem cellMorphology (biology)Live cell imagingEmbryogenesisAnatomyArtificial intelligenceEmbryoCellComputer scienceGeneticsGeneEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Morphogenesis requires highly coordinated, complex interactions between cellular processes: proliferation, migration and apoptosis, along with physical tissue interactions. How these cellular and tissue dynamics drive morphogenesis remains elusive. Three dimensional (3D) microscopic imaging holds great promise, and generates elegant images, but generating even moderate throughput for quantified images is challenging for many reasons. As a result, the association between morphogenesis and cellular processes in 3D developing tissues has not been fully explored. To address this gap, we have developed an imaging and image analysis pipeline to enable 3D quantification of cellular dynamics along with 3D morphology for the same individual embryo. Specifically, we focus on how 3D distribution of proliferation relates to morphogenesis during mouse facial development. Our method involves imaging with light-sheet microscopy, automated segmentation of cells and tissues using machine learning-based tools, and quantification of external morphology by geometric morphometrics. Applying this framework, we show that changes in proliferation are tightly correlated with changes in morphology over the course of facial morphogenesis. These analyses illustrate the potential of this pipeline to investigate mechanistic relationships between cellular dynamics and morphogenesis during embryonic development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,333
Score d'incertitude au seuil0,226

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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