A truncated SARS-CoV-2 nucleocapsid protein enhances virus fitness by evading antiviral responses
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Viruses face a selective pressure to evade cellular antiviral responses to control the outcome of an infection. However, due to their limited genome size, viruses must adopt unique strategies to confront cellular sensors. Since emerging in humans, SARS-CoV-2 has accrued multiple mutations throughout its genome, some of which enhanced virus replication and led to the rise of viral variants. However, the biological consequences of many of these changes remain to be discovered. Here, we show that SARS-CoV-2 produces a truncated form of the nucleocapsid protein, called N* M210 . Due to the acquisition of a viral transcription regulatory sequence (TRS) in the N gene, certain variants, such as Omicron, produce a new viral mRNA that markedly increases N* M210 expression. We show that N* M210 is a dsRNA binding protein, which inhibits multiple arms of the cellular antiviral response, including blocking interferon induction and inhibiting stress granule formation. We created a panel of recombinant SARS-CoV-2 viruses (rSARS-2) with mutations in the N gene that increased or decreased N* M210 production. We show that N* M210 production increases virus fitness, as viruses that produce more N* M210 outcompeted wild-type rSARS-2. We demonstrate that the fitness advantage provided by N* M210 is partly due to its ability to potently block stress granules. We propose a model where, to evade the cellular antiviral response, SARS-CoV-2 has evolved a mechanism to increase the production of a truncated form of the N protein, which broadly limits the activation of dsRNA-induced antiviral responses, tipping the balance in favour of the virus in the battle for control of the cell. Highlights SARS-CoV-2 variants evolved to upregulate truncated N (N*) synthesis to increase virus fitness N* M210 is a potent dsRNA-binding protein that blocks cellular dsRNA sensing N* M210 inhibits stress granule formation independent of G3BP1 binding
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».