Genus-level review of pocket gophers in the family Geomyidae
Notice bibliographique
Résumé
Pocket gophers (Geomyidae) comprise a well-studied family at the species level but need an updated revision at the generic level because studies of each genus have applied different data sets and different criteria for recognizing distinct taxa. Pocket gophers thrive from temperate Canada south to Panama and Colombia, where they inhabit various habitats, including temperate forests, prairies, steppes, hot and cold deserts, and subtropical and tropical areas. The taxonomy at the genus and species levels underwent many changes in the early twenty-first century due to use of different sequencing methodologies. This article builds upon those analyses to review genus-level relationships within the Geomydae. Specifically, we analyzed the sequences available in Genbank for members of the family Geomyidae (Cytb for 47 species and COI for 33 species). We conducted different phylogenetic analyses; in all cases, genera were classified into monophyletic groups associated with the tribes Geomyini and Thomomyini. In the Thomomyini, the genus Thomomys was recognized with two genera, Megascapheus and Thomomys, which are more genetically distinct than many other genera. In the Geomyini, each genus and subgenus are distinct monophyletic groups with very strong support and large p-distances. The Mississippi River appears to function as an important geographic barrier within Geomys, with marked genetic differentiation between populations on the eastern and western sides of the river. Collectively, our analyses based on mtDNA sequences suggest that a more detailed revision employing multiple data sets is needed for the genera within the Geomyidae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».