Frequency of Deleterious Pathogenic/Likely Pathogenic Germline Variants in Related and Unrelated Allogeneic Hematopoietic Cell Transplant Donors for Patients with Myelodysplastic Syndrome
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Up to 15% of myelodysplastic syndrome (MDS) patients have pathogenic (P) or likely pathogenic (LP) germline variants (PGVs) underlying their disease. PGVs in allogeneic hematopoietic cell transplant (allo-HCT) donor cells may impact outcomes. Around 5% of related donors (RDs) share PGVs with recipients, the rate of PGVs in unrelated donors (UDs) is unknown. Objective We quantified PGVs in recipient-donor pairs for patients undergoing RD or UD allo-HCT for MDS. Methods Paired peripheral blood samples from MDS patients undergoing allo-HCT and RDs or UDs underwent 30X whole genome sequencing (WGS) in prior CIBMTR studies. Variants were called in 40 hematologic cancer predisposition genes. Quality filtered variants were culled by a 0.005 gnomAD allele frequency (AF) cutoff, adjusted to 0.05 for genes with high AF P/LP variants ( CHEK2, DDX41 ). Intronic variants were removed, except in genes with known P/LP intronic variants ( DKC1, FANCI, GATA2 , NF1, TERT ). Variants with >25 somatic occurrences in COSMIC were removed. P/LP variants were manually curated for pathogenicity per established guidelines. Shared PGVs in RD and recipients were confirmed germline. PGVs in UD and recipients were considered likely germline if variants known to have minimal somatic variation. Results Total 494 patients with paired recipient-donor WGS were included, 97 patients had RDs and 397 patients had UDs as their stem cell source. PGVs were found in 15% (75/494) of recipients with MDS, most commonly in DDX41 (20%, 15/75), RUNX1 (17%, 13/75), and CHEK2 (8%, 6/75). In RDs, 5% (5/97) of donors had PGVs. The PGV was shared between the donor and recipient in 80% (4/5) of cases and in 20% (1/5), the recipient lacked the donor PGV. Among UDs, 4% (16/397) had PGVs identified. In 19% (3/16) of UDs with a PGV the recipient had a separate, unshared PGV (Table 1). Conclusion We identified PGVs in a significant number of allo-HCT donors for MDS patients, with similar rates in RDs as prior literature. Rates of PGVs were comparable between UDs or RDs. Future work will assess PGVs and allo-HCT outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».