Integrative cytogenetic and molecular studies unmask “chromosomal mimicry” in hematologic malignancies
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT: The detection of structural variants (SVs) represents a critical component in the diagnostic evaluation and treatment of many hematologic malignancies. Although clinical SV testing mainly consists of traditional cytogenetic methodologies, technological innovations have led to alternative approaches with improved resolution. In this study, we sought to characterize the clinical impact of targeted RNA sequencing on the diagnosis of myeloid and immature lymphoid malignancies. Across a cohort (n = 380) of myeloid (87%) and immature lymphoid (13%) tumors, we compared SVs detected by chromosome banding analysis (CBA) and fusion events detected by anchored multiplex polymerase chain reaction (AMP)-targeted RNA sequencing. Variants detected by either assay were categorized using a 5-tier system: tier 1 (established clinical significance); tier 2 (possible clinical significance); tier 3 (unknown significance); tier 4 (known germ line variants), and tier 5 (no variants detected). The combined use of AMP and CBA improved the detection of clinically relevant (tier 1 or 2) findings in 10% of cases. Unexpectedly, in 1% (3/380) of the patients in our study, CBA appeared to detect a defining SV, for example, t(9;22)(q34;q11.2), that was not confirmed by AMP fusion studies. Subsequent evaluation by orthogonal approaches confirmed breakpoints on the expected chromosomes but did not involve the anticipated genes. Our study indicates that "chromosomal mimicry," a phenomenon in which chromosome morphology resembles a known SV but lacks the expected gene-level rearrangement, is an infrequent but recurrent finding with the potential to confound clinical management. Our study highlights the need for assays with gene-level resolution in the diagnostic evaluation of hematologic malignancies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».