High abundance and diversity of flagellates under ice cover in Lake Baikal revealed by microscopy and metabarcoding
Notice bibliographique
Résumé
Lakes located in the north temperate zone may be covered with ice for long periods. Under the ice, a habitat is created, different from the open water period, which is characterized by low temperature and reduced light due to ice and snow cover. We investigated phytoplankton in sub-ice communities (SI) at the ice-water interface and the 0–25 m under-ice water column communities (UW) in the pelagic zone of Lake Baikal. Community structure was assessed using microscopy and metabarcoding of fragments of 18S rRNA gene. Flagellate diversity included 34 taxa from 64 microalgae identified by microscopy and 48 operational taxonomic units (OTUs) from 56 identified by metabarcoding. In conditions of complete snow-covered ice, high diversity and abundance of flagellates (up to 14 million cells L −1 ) were observed, with an advantage due to their mobility and different feeding modes. Both microscopy and metabarcoding data show that the taxonomic structure of SI and UW is different. SI communities of Lake Baikal showed mass development of a mixed group of nanoflagellates, which consisted of “ Spumella- and Chlamydomonas -like flagellates”. SI communities were less taxonomically diverse, suggesting that available resource gradients on the ice bottom are more tightly constrained, and taxa have to be ice bottom specialists to survive there. The relative spatial heterogeneity of SI communities is reflective of greater homogenization of habitat parameters in the winter water column and more dynamic conditions on the ice bottom. The data obtained expand the understanding of the diversity and abundance of organisms in under-ice habitats in north temperate latitudes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».