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Enregistrement W4408045432 · doi:10.22541/au.173956895.54632274/v2

Knowledge gaps explored for Laboulbeniomycetes, a clade of understudied microfungi, including a new shortfall related to a lack of taxonomic expertise

2025· preprint· en· W4408045432 sur OpenAlexaff
Jonathan Cazabonne, Thomas E. Martin, Thomas J. Matthews, C. Alisha Quandt, Joseph P. Wayman, Danny Haelewaters

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueMycorrhizal Fungi and Plant Interactions
Établissements canadiensUniversité du Québec en Abitibi-TémiscamingueUniversité du Québec à Montréal
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMicrofungiCladeEvolutionary biologyData scienceBiologyPhylogeneticsComputer scienceGeneticsEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Despite escalating efforts to document and understand biodiversity, gaps in knowledge persist due to the inherent complexity of biological systems and the sheer scale of global biodiversity. Such knowledge shortfalls have been identified, described, and discussed for several well-studied organismal groups, leading to significant advancements in research and conservation. However, less-studied organismal groups (including most fungi) continue to suffer from pronounced knowledge gaps. Recently, Laboulbeniomycetes (phylum Ascomycota), a class of minute fungi obligately associated with arthropods either for dispersal or as epibionts, has been proposed as a model system to illustrate the extent of biodiversity and conservation shortfalls in poorly known organismal groups. Here, we explore biodiversity knowledge shortfalls for the Laboulbeniomycetes, examining gaps in species diversity (Linnean), distribution (Wallacean), populations (Prestonian), evolution (Darwinian), functional traits and ecological functions (Raunkiaeran), abiotic tolerance (Hutchinsonian), ecological interactions (Eltonian), natural history knowledge (Parkerian), persistence (Latimerian), conservation assessment (Scottian), and applied conservation, legal policies, fundings, and public awareness (Ostromian). Additionally, we introduce the Thaxterian shortfall, named after Roland Thaxter (1858–1932), professor at Harvard University and leading expert of Laboulbeniales, that quantifies the lack of taxonomic expertise in a given organismal group. We also discuss the implications of these shortfalls for conservation and future research avenues. We hope this chapter will serve as a catalyst for further discussion on biodiversity shortfalls in other taxa and pave the way towards a global momentum for the integration of poorly known organisms into conservation frameworks.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,013
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,026

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,013
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0070,004
Études des sciences et des technologies0,0020,003
Communication savante0,0040,010
Science ouverte0,0010,004
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,140
Tête enseignante GPT0,337
Écart entre enseignants0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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