Characterizing dengue seroprevalence and heterogeneities in transmission intensity in Ghana
Notice bibliographique
Résumé
There has been no confirmed case of dengue in Ghana to-date, and the risk of infection is unknown. This is largely on account of limited dengue surveillance in the country. To determine the historical circulation of dengue and reconstruct the immunity profile of the population, we conducted an age-stratified seroprevalence study using archival samples obtained from a representative SARS-CoV-2 serosurvey in three major cities. An Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) was used to measure IgG levels of dengue serotypes 1-4. A subset of samples was also tested by ELISA NS1 dengue antigen (n=200) and Plaque Reduction Neutralization Test (PRNT) for all 4 dengue serotypes (n=69). We used a Bayesian approach to reconstruct all results obtained in the study and estimate the force of infection of dengue assuming a time-constant transmission. 1486 plasma samples were tested from Kumasi (n= 477), Accra (n= 490), and Tamale (n= 519). The estimated sensitivity and specificity of the IgG ELISA assay compared to the PRNT were respectively 83% (95% CrI 78-88) and 89% (95% CrI 80-97), while the NS1assay had a sensitivity of 20% (95% CrI 12-30), and a specificity of 99% (95% CrI 94-1). We estimated large heterogeneities in dengue transmission intensity across locations. A higher average annual per-capita risk of dengue infection was estimated in Tamale [0.071 (95% CrI 0.056-0.096)] compared to Accra [0.026 (95% CrI 0.021-0.033)] and Kumasi [0.005 (95% CrI 0.001-0.008)]. On average, we estimated that respectively 43%, 11%, and 70% of the Accra, Kumasi, and Tamale populations have been exposed to dengue. This study provides evidence that dengue has been circulating at different endemic levels across Ghana, with higher circulation in locations close to Burkina Faso, which has recorded Africa's largest dengue outbreaks to date. There is hence the need for enhanced passive and active surveillance to monitor the circulation and potential emergence of dengue outbreaks in the country.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».