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Enregistrement W4408059806 · doi:10.1016/j.talanta.2025.127857

Improved 2D 1H–13C NMR permits in vivo analysis of Daphnia magna metabolism without isotopic enrichment

2025· article· en· W4408059806 sur OpenAlexafffund
Jonathan Farjon, Katelyn Downey, Kiera Ronda, William Wolff, Katrina Steiner, André J. Simpson

Notice bibliographique

RevueTalanta · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensThe Scarborough HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Nautical Research SocietyNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCentre National de la Recherche Scientifique
Mots-clésChemistryDaphnia magnaIn vivoCarbon-13 NMRMetabolismEnvironmental chemistryRadiochemistryChromatographyBiochemistryToxicityOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Daphnia magna are small crustaceans, used commonly in aquatic toxicity due to their sensitivity to pollutants. In vivo NMR provides unique insights into real-time metabolic responses, information needed to understand “why” at the biochemical level, contaminants are toxic. Due to overlap caused by the magnetic susceptibility distortions in 1D 1 H NMR, 2D is required for metabolic fingerprinting in vivo . In particular, 2D 1 H– 13 C NMR offers excellent spectral dispersion but is time-consuming and has intrinsic low sensitivity. As such, to date nearly all studies have used 13 C isotopically enriched D. magna , but this limits studies to lab-raised organisms. Here, in order to assess the feasibility of studying Daphnia at natural abundance, symmetric ASAP HSQC in combination with time-resolved non-uniform sampling (TR-NUS) is explored. The combined approach (TR-NUS ASAP HSQC) improved Signal-to-Noise Ratios (SNRs) up to 3 times versus standard HSQC, while reconstruction of TR-NUS data provided information on a 4 min time scale. In turn, this allowed anoxia (and recovery from anoxia) to be studied for the first time on unlabelled Daphnia using HSQC. TR-NUS ASAP 1 H– 13 C HSQC is a key step towards to investigate environmental adaptability and exposure in living organisms in close to real-time. As the approach does not require isotopic enrichment it affords future possibilities to sample organisms directly from the environment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,365
Score d'incertitude au seuil0,628

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
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Résumé présentoui

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