A novel Kayvirus species phage RuSa1 removes biofilm and lyses multiple clinical strains of methicillin resistant Staphylococcus aureus
Notice bibliographique
Résumé
The emergence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) infection is one of the global healthcare concerns. Here, we report the phenotypic and genotypic characterization of a novel multi-host Staphylococcus phage RuSa1, isolated from wastewater samples derived from a spotted sambar deer (Rusa unicolor) enclosure located at Mangalore, India. Clinical MRSA strains (n = 18) susceptible to RuSa1 were genetically and phenotypically diverse as determined by DNA fingerprinting and in vitro culture assays. RuSa1 displayed a latent period and burst size of 10 min and 50 PFU, respectively, and exhibited efficient biofilm removal activities against S. aureus ATCC BAA-44. The phage exhibited moderate UV stability (3 min) and high titre at 4-37 °C and pH 5‒9. RuSa1 possessed a linear double-stranded genomic DNA with a length of 140 kb. The genome contained 30.18% GC composition and shared 82.0‒94.9% sequence similarity with eleven authentic species of Kayvirus recognized by the International Committee on Taxonomy of Viruses based on VIRIDIC analysis. RuSa1 established distinct phyletic lineage in the maximum likelihood phylogenetic analysis of DNA encoding structural proteins and lacked genes that confer lysogeny. Based on the genotypic, phylogenetic and phenotypic data, RuSa1 is proposed to be a lytic phage and a new species of Kayvirus with a potential therapeutic ability against staphylococcal infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».