Network-based population analysis of 31,595 gonococcal genomes reveals phase variability, genetic diversity and mobile element dynamics drive antimicrobial resistance and phenotypic diversity
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT With a highly plastic genome allowing the accumulation of antimicrobial resistance (AMR) determinants, Neisseria gonorrhoeae ( Ngo ) is an urgent public health threat. To better understand the spread of AMR in Ngo and its ability to persist in humans, we performed a systematic analysis of its global population structure. From 31,595 publicly available genomes, we curated a maximally diverse representative set of 485 gonococcal genomes, which were defined into 12 distinct clades on the basis of shared patterns of single nucleotide polymorphisms. Mapping AMR determinants and mobile elements onto these clades revealed significant correlation with gonococcal population structure. Notably, several variants associated with AMR were identified in genes not previously linked with resistance, suggesting roles as new determinants of resistance or compensatory mutations in resistant strains. Analysis of phase variable motifs, a significant mechanism driving regulation of expression in Ngo , identified 57 genes not previously identified as phase variable; in vivo and in vitro passaging validated our sequence-based definition of phase variability and revealed a strong association of phase variation of the surface proteins Opa and LgtG with improved colonization during infection. Together these findings highlight the ability of systematic comparative genomic analyses to shed new light on the drivers of Ngo population structure and identify new AMR determinants.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».