Prevalence of Constitutional Pathogenic Variant in a Cohort of 348 Patients With Multiple Primary Cancer Addressed in Oncogenetic Consultation
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Multiple primary malignancies (MPMs) refer to two or more primary malignant tumors in the same patient. MPMs are frequent: 18.4% of incident cancers represent a second or a higher primary cancer. In order to assess the value of genetic testing for patients with multiple cancers, studies are needed to accurately determine the prevalence of pathogenic variants for these patients. METHODS: All families were seen in our oncogenetics consultation from 2010 to 2022. We compared clinical features and detection rates of pathogenic or likely pathogenic variants in a panel of up to 47 cancer predisposition genes in patients with ≥ 2 primary cancers (n = 348) versus a single primary cancer (n = 1422). RESULTS: A pathogenic or likely pathogenic variant was diagnosed in 27.3% of patients with 348 index patients with MPM, concerning 21 genes: BRCA1 (n = 27), BRCA2 (n = 19), MSH2 (n = 9), ATM (n = 8), MLH1 (n = 5), MSH6 (n = 6), TP53 (n = 4), CHEK2 (n = 4), PALB2 (n = 3), APC (n = 2), MEN1 (n = 1), RAD51C (n = 1), NBN (n = 1), EPCAM (n = 1), PMS2 (n = 1), RB1 (n = 1), PTEN (n = 1), CYLD1 (n = 1), NF1 (n = 1), RAD51D (n = 1), and CDKN2A (n = 1). MPM index cases were more likely to carry a deleterious mutation than cases with a single cancer (27.3% vs. 11.39%, p < 0.001). Pathogenic variants were found more frequently in patients with a suggestive family history (34.2% vs. 20.1%, p < 0.05), with a younger age of cancer diagnosis related to the suspected syndrome (32.7% vs. 22%, p = 0.049). For the 208 index patients with ≥ 2 cancers pertaining to the same predisposition syndrome (HBOC, HNPCC…), the detection rate increased significantly to 36% (vs. 14.3% for MPM patients with unrelated cancers (n = 140), p < 0.001). Conversely, the detection rate for patients with unrelated cancers was not statistically different from the single-cancer population (14.3%-11.39%, p = 0.318). CONCLUSION: Patients referred for oncogenetic testing with MPM are more likely to carry pathogenic variants in cancer predisposition genes than patients with a single primary cancer (p < 0.05), especially if the cancers are related to the same predisposition syndrome. If the cancers are unrelated, no statistical difference in comparison to the single-cancer population was observed. For these latter patients, we recommend using the specific criteria of each tumor to propose appropriate genetic testing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».