Molecular epidemiology and in silico prediction of ciprofloxacin resistance in <i>Salmonella enterica</i> in Canada, 2017–2022
Notice bibliographique
Résumé
Ciprofloxacin is important for treatment of severe or invasive Salmonella infections in humans. As laboratories transition from phenotypic to genomics-based methods for determining ciprofloxacin non-susceptibility, it is important to define the correlation between genetic determinants of resistance and phenotypic outcomes. Here, we examined ciprofloxacin resistance mechanisms in Salmonella and tested the hypothesis that isolates containing only one mechanism had intermediate resistance while isolates containing two or more mechanisms had full resistance according to breakpoints from the Clinical Laboratory Standards Institute. Among 13 750 human and food/animal Salmonella enterica isolates, 2325 were predicted to be non-susceptible to ciprofloxacin using whole genome sequencing and Staramr. The most common mechanisms of resistance were mutations in gyrA (especially S83F and D87N/D87Y) and the qnrB19 allele. Only 28% of ciprofloxacin resistant isolates had two or more resistance mechanisms; the remainder contained only one mechanism. Of isolates with two or more mechanisms, only 63% were resistant. Thus, the number of genetic determinants of ciprofloxacin resistance in an isolate could not reliably differentiate the ciprofloxacin intermediate or resistant categories when using North American breakpoints. Predicting ciprofloxacin intermediate/resistant as a single non-susceptible category would facilitate global standardization of data to inform public health surveillance, treatment guidelines, and stewardship.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».