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Enregistrement W4408127968 · doi:10.1016/j.xpro.2025.103665

Protocol for detecting intracellular aggregations in Arabidopsis thaliana cell wall mutants using FM4-64 staining

2025· article· en· W4408127968 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueSTAR Protocols · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePolysaccharides and Plant Cell Walls
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMinistry of Colleges and UniversitiesOntario Ministry of Economic Development, Job Creation and TradeCanada Research ChairsCanada Foundation for InnovationOntario Research Foundation
Mots-clésMutantIntracellularArabidopsis thalianaStainingArabidopsisCell biologyProtocol (science)BiologyChemistryMolecular biologyGeneticsGeneMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Here, we present a step-by step protocol to visualize intracellular aggregations in Arabidopsis mutants with cell wall secretion defects using FM4-64, a lipophilic styryl dye. We describe steps for growing seedlings, staining them with FM4-64, and identifying intracellular aggregates in cell wall synthesis and/or secretion mutants in root and hypocotyl epidermal cells via confocal microscopy. Additionally, we provide troubleshooting suggestions for common pitfalls. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Hoffmann and McFarlane. 1 • Protocol to detect intracellular aggregates in Arabidopsis cell wall synthesis/secretion mutants • Instructions for staining and imaging aggregations in live root or hypocotyl cells • Guidance and troubleshooting on distinguishing aggregations from common artifacts Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. Here, we present a step-by step protocol to visualize intracellular aggregations in Arabidopsis mutants with cell wall secretion defects using FM4-64, a lipophilic styryl dye. We describe steps for growing seedlings, staining them with FM4-64, and identifying intracellular aggregates in cell wall synthesis and/or secretion mutants in root and hypocotyl epidermal cells via confocal microscopy. Additionally, we provide troubleshooting suggestions for common pitfalls.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Protocole · Signal consensuel: Protocole
Score de désaccord entre enseignants0,174
Score d'incertitude au seuil0,421

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,064
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle