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Enregistrement W4408128784 · doi:10.1093/sysbio/syaf005

Aquatic Biotas of Sundaland Are Fragmented But Not Refugial

2025· article· en· W4408128784 sur OpenAlexaff
Erwan Delrieu‐Trottin, Sélim Ben Chehida, Tedjo Sukmono, Hadi Dahruddin, A. Sholihah, Kustiati Kustiati, Yuli Fitriana, Zainal A. Muchlisin, Roza Elvyra, Arif Wibowo, Ilham V. Utama, Ujang Nurhaman, Sopian Sauri, Renny Risdawati, Muhamad Syamsul Arifin Zein, Juliette Pouzadoux, Jean‐François Agnèse, Marie‐Ka Tilak, Thomas von Rintelen, Daisy Wowor, Dirk Steinke, Stefano Mona, Lukas Rüber, Paul D. N. Hebert, Nicolas Hubert

Notice bibliographique

RevueSystematic Biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueFish Biology and Ecology Studies
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesNatural Environment Research CouncilLembaga Ilmu Pengetahuan IndonesiaInstitut de Recherche pour le DéveloppementChester ZooBundesministerium für Bildung und ForschungNorth of England Zoological SocietyNational Geographic Society
Mots-clésBiologyEcologyEvolutionary biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tropical insular systems have long attracted biologists, stimulating some important controversies in ecology and evolution. Eustatic fluctuations during the Pleistocene have been invoked to explain species dispersal and proliferation in these fragmented systems by controlling the extent of landmasses and their temporary connections. In ancient archipelagos, the Pleistocene represents only a small slice of their history, so long-standing configurations might better explain insular diversity patterns. With a geological history of ca. 30 million years, the Sunda Shelf is old. Upon entering the Pleistocene, islands of the Sunda Shelf repeatedly separated and merged; however, recent reappraisals of its paleoenvironments and evolutionary dynamics have questioned their biogeographic significance. Based on the molecular inventory of 6 common freshwater fish families, we explored population fragmentation and demographic history of the most common species using mitochondrial DNA sequences. Species delimitation methods, applied to 1062 sequences belonging to 37 species from 188 sites, detected 95 Molecular Operational Taxonomic Units (MOTUs). Among the 9 most widespread species, the number of MOTUs ranged from 1 to 11, and correlated with time to the most recent common ancestor. Extended Bayesian Skyline Plots applied to mitogenomes and cytochrome c oxidase I sequences detected no variation in past effective population size within MOTUs, while hierarchical Approximate Bayesian Computation provided no evidence of congruent changes in effective population sizes. Fragmentation of an ancestral range is the most likely explanation for the rampant cryptic diversity observed, but demographic inferences do not support MOTUs as being refugial from an evolutionary perspective.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,211
Score d'incertitude au seuil0,239

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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