Modeling reveals metabolic basis of competition among <i>Dehalobacter</i> strains during tandem CF and DCM metabolism
Notice bibliographique
Résumé
SC05-UT is an anaerobic mixed microbial enrichment culture that reduces chloroform (CF) to dichloromethane (DCM) through reductive dechlorination, which it further mineralizes to carbon dioxide. This DCM mineralization yields electron equivalents that are used to reduce CF without addition of exogenous electron donor. By studying this self-feeding CF-amended culture and a DCM-amended enrichment culture (DCME), we previously found the genomic potential to perform both biodegradation steps in two distinct Dehalobacter strains: Dehalobacter restrictus SAD and Candidatus Dehalobacter alkaniphilus DAD. Though present in each enrichment culture, strain SAD is more abundant in CF-fed subculture SC05-UT, while strain DAD is more prominent in the DCM-fed subculture DCME. To understand if genomic differences between strains and impact their metabolic mechanisms, the genome of each strain was curated to reconstruct genome-scale metabolic models of each strain, which were then constrained based on thermodynamic and experimental conditions. We demonstrate that metabolic differences between the two strains may allow Dehalobacter strain DAD to outcompete strain SAD in the absence of CF, while strain SAD exhibits an advantage in the presence of CF. Additionally, we predict electron cycling methods to reconcile redox imbalances in the cell is required for tandem CF and DCM dechlorination. This work highlights the importance of hydrogen and amino acid exchange in these microbial communities and contributes to the growing body of work surrounding organohalide syntrophy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».