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Enregistrement W4408162334 · doi:10.1002/ecy.70009

<scp>PROCEED</scp> v6.1: Phenotypic rates of change evolutionary and ecological database

2025· article· en· W4408162334 sur OpenAlexafffund
Lucas D. Gorné, Andrew P. Hendry, Fanie Pelletier, Sarah Sanderson, Cristián Correa, Carlos F. Arias, Marc‐Olivier Beausoleil, Maryse Boisjoly, Erika Crispo, Daniel Berner, Luis F. De León, Joseph D. DiBattista, Grant E. Haines, Benjamin C. Haller, Michael T. Kinnison, Shahin Muttalib, Ann E. McKellar, Rose E. O’Dea, Winer Daniel Reyes‐Corral, Yanny Ritchot, Krista B. Oke, Zachary T. Wood, Thomas J. Farrugia, Kiyoko M. Gotanda

Notice bibliographique

RevueEcology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueEcology and Vegetation Dynamics Studies
Établissements canadiensMcGill UniversityBrock UniversityUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMcGill UniversityBrock UniversityNational Science Foundation
Mots-clésIntraspecific competitionBiologyEcologyEnvironmental changePopulationNoveltyExtinction (optical mineralogy)Phenotypic plasticityDatabaseEvolutionary biologyClimate changeDemographyComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Populations must continuously respond to environmental change or risk extinction. These responses can be measured as phenotypic rates of change, which allow researchers to predict their contemporary evolutionary responses. In 1999, a database of phenotypic rates of change in wild populations was compiled. Since then, researchers have used (and expanded) this database to examine the phenotypic responses as a function of the features of the study system (i.e., the population or set of populations, of a given species, that experienced a specific driver or disturbance), the measured traits, and methodological approaches. Therefore, PROCEED (Phenotypic Rates of Change Evolutionary and Ecological Database) is an ongoing compilation of rates of phenotypic change, typically calculated as Haldanes and Darwins, published in peer-reviewed literature (but also including data from theses and technical reports). Studies in this database measure the intraspecific change in quantitative (continuous or discrete) traits and report either the time elapsed from the onset of environmental novelty, or reference a historical or biological event reported in other sources (e.g., a mine opening or a well-documented biological invasion). Included studies either follow a single population through time (allochronic design) or compare two or more populations that diverged at a known time (synchronic design). Some included studies account for the total phenotypic variability in the field (i.e., phenotypic studies), while others employed common-garden or other quantitative genetic approaches to account for the heritable component of the phenotypic change (i.e., genetic studies). PROCEED includes systems in both natural and experimental conditions, provided that reproduction was not manipulated (i.e., artificial selection experiments were excluded). In the included experimental systems, the environment of the focal populations was manipulated (e.g., an herbivory exclusion experiment, where the type and load of herbivory are manipulated) but the studies did not deliberately select for trait values in the study population (e.g., the plant height). PROCEED does not include systems where the phenotypic change is presumably due to interspecific hybridization, polyploidy, or other chromosomal alterations. Here, we present the most recently updated PROCEED (Version 6.1). This new, curated version has 9263 records (n) collated from 326 studies, 1801 systems, and 428 species. The database includes records belonging to mammals (n = 686), birds (n = 1475), reptiles (n = 96), amphibians (n = 23), fishes (n = 3671), invertebrates (n = 1141, mostly arthropods), and plants (n = 2171). The maximum elapsed time between the environmental change and the sampling is 500 years but is typically less than 100 years (third quartile 89.5; median 45 years). The database also includes a set of variables describing biological and methodological aspects of the study system and measured traits, along with features of the sampling design in the primary source of information. This new version of PROCEED also includes a time series dataset comprising a subset of records included in the general dataset. These are allochronic studies with three or more sampling times throughout the entire study period. The time series dataset contains 655 time series (s)-belonging to 61 studies, from 156 systems, and 77 species-including mammals (s = 140), birds (s = 77), reptiles (s = 4), amphibians (s = 8), fishes (s = 404), and plants (s = 22). The data are released under a Creative Commons CC0 1.0 Universal Public Domain Dedication license.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,044
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,397
Score d'incertitude au seuil0,861

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,044
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,001
Bibliométrie0,0110,018
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0060,004
Science ouverte0,0060,004
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,3970,206

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,266
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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