Unique expression of genes influencing transendothelial leukocyte migration in HIV-1 resistant women in the pumwani sex worker cohort
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: The Pumwani Sexworker Cohort in Nairobi, Kenya has enrolled >2100 women from 1985 to 2002. A small subset of women enrolled during this period remain HIV uninfected despite high-risk sex work exposures. This study investigated the expression of genes involved in leukocyte movement and migration and their role in HIV resistance. METHODS: Whole blood was collected from 75 HIV uninfected women: 38 HIV resistant women (average of 15.39 negative years) and 37 susceptible new enrollees (average of 1.027 negative years). The mRNA expression of 84 genes was analyzed using a custom RT2 Profiler PCR-array and compared between HIV resistant women and HIV negative susceptible controls. The function and influence of genes with mRNA significantly differentially expressed were analyzed using Ingenuity Pathway Analysis (QIAGEN) and Pathway Studio (Elsevier). RESULTS: Eighteen genes were significantly up-expressed in HIV resistant women. Among them, 16 genes are involved in the leukocyte movement and migration (p < 0.00001). Among them, 4 genes (CTNNB1, ITGB1, PIK3CA and PTPN11) are involved in transendothelial leukocyte migration signaling (p < 0.00001), 8 genes (CTNNB1, DPP4, ITGB1, PIK3CA, PTPN11, TICAM1, TIMP1, VCAN) are involved in cellular infiltration by leukocytes (p < 0.00001), and 6 genes (CTNNB1, ITGB1, MAP3K4, PIK3CA, PTPN11, TIMP1) are involved in the Leukocyte Extravasation Signaling (p < 0.00001). DISCUSSION/CONCLUSIONS: We propose that the HIV resistant women of the PSC may exhibit a unique leukocyte migratory response in dealing with pathogen infection. The potential mechanisms could contribute to the unique leukocyte migratory response: modifications to the PI3K/AKT signaling, extracellular matrix remodeling, integrin structure and function, and activation of T-cell receptors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».