Maternal Environment Alters DNA Methylation Inheritance in Chinook Salmon (Oncorhynchus tshawytscha): Maternal Effects on Gene-Specific DNA Methylation
Notice bibliographique
Résumé
Maternal effects are a prevalent source of early life phenotypic variation in offspring across diverse taxa and have been shown to provide offspring an adaptive advantage in response to maternal environmental stimuli. There are several well studied examples of adaptive maternally induced intergenerational effects in response to the parental environment mediated by mechanisms such as stress hormones and nutrients. DNA methylation is a fundamental cellular process that affects gene transcription and can respond rapidly to changing environments yet remains a largely unexplored mechanism for maternal effect signaling. We manipulated maternal environment in sexually maturing female Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) by reducing food availability or increasing day length. We used a factorial breeding design as well as gene-specific sequencing assays to analyze how maternal effects influenced DNA methylation in offspring at the eyed egg and alevin developmental stages We found significant maternal effects on gene-specific DNA methylation as well as heightened levels of maternal effects in response to an increase in maternal photoperiod. We report higher maternal effects in early life stages that decline through development in four gene functional categories: growth, immune response, metabolic function, and histone protein regulation. Despite a potential resetting of the methylome following fertilization, we provide evidence that maternal effects can modulate gene-specific DNA methylation, and that effect is sensitive to the environment the mothers experience. This pattern of epigenetically-mediated maternal effects responding to maternal environment is consistent with a fundamental process driving intergenerational phenotypic variation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».