Genomic investigation of benthic invertebrates from the Clarion-Clipperton fields of polymetallic nodules
Notice bibliographique
Résumé
The abyssal plains of the Clarion-Clipperton Zone (CCZ) are famous for their fields of polymetallic nodules, which are inhabited by benthic invertebrates. Ten specimens from the Interoceanmetal Joint Organisation (IOM) licence area in the CCZ were collected in 2014 and submitted to a short-read genome skimming sequencing. In total, mitochondrial genomes and nuclear ribosomal genes were retrieved for nine different organisms belonging to Ophiuroidea, Holothuroidea, Polychaeta, Bryozoa, Porifera, and Brachiopoda (assigned to these phyla immediately upon retrieval from the seafloor). As many of these samples were partial and physically deteriorated following their seven-year storage in IOM’s collections, their morphology-based taxonomic identification could rarely be performed at the lowest possible level (species or genus) prior to preparing the samples for molecular or genomic investigations. Therefore, it was not possible to apply the reverse identification scheme recommended for such investigations. However, several of these specimens represent poorly studied groups for which few molecular references are available as of now. In two cases, the presence of introns in the mitochondrial genome questions the practicability of using the cox1 gene for further routine molecular barcoding of these organisms. These results might be useful in future DNA primers design, molecular barcoding, and phylogeny or population genetic studies when more samples are obtained.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».