Discovery of the widespread site-specific single-stranded nuclease family Ssn
Notice bibliographique
Résumé
Site-specific endonucleases that exclusively cut single-stranded DNA have hitherto never been described and constitute a barrier to the development of ssDNA-based technologies. We identify and characterize one such family, from the GIY-YIG superfamily, of widely distributed site-specific single-stranded nucleases (Ssn) exhibiting unique ssDNA cleavage properties. By first comprehensively studying the Ssn homolog from Neisseria meningitidis, we demonstrate that it interacts specifically with a sequence (called NTS) present in hundreds of copies and surrounding important genes in pathogenic Neisseria. In this species, NTS/Ssn interactions modulate natural transformation and thus constitute an additional mechanism shaping genome dynamics. We further identify thousands of Ssn homologs and demonstrate, in vitro, a range of Ssn nuclease specificities for their corresponding sequence. We demonstrate proofs of concept for applications including ssDNA detection and digestion of ssDNA from RCA. This discovery and its applications set the stage for the development of innovative ssDNA-based molecular tools and technologies. Site-specific endonucleases that exclusively cut single-stranded DNA have hitherto never been described and constitute a barrier to the development of ssDNA-based technologies. Here the authors identify and characterize a family of such enzymes that could be the basis of innovative molecular tools.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».