Accessibility of Carboxypeptidase A-bound Zinc to Chelation Correlates with an Intermediate State in the Protein’s Unfolding Pathway
Notice bibliographique
Résumé
In view of the emerging role of metal ions in improper protein folding (a phenomenon associated with a variety of diseases), new tools to characterize structural changes that accompany folding transitions are highly sought. Using a combination of fluorescence spectroscopy and studies involving the chromophoric chelator 4-(2-pyridylazo)resorcinol (PAR), we here show that the prototypical zinc protease carboxypeptidase A (CPA) unfolds in the presence of guanidine hydrochloride via a previously unidentified folding intermediate that resembles a molten globular state and retains the zinc ion. The spontaneous dissociation of the metal ion from CPA was observed only upon transition of the intermediate to the fully unfolded state of the protein. Furthermore, an analysis of zinc ion binding during CPA unfolding using PAR revealed the intermediate state to directly correlate with the ability of the chelator to gain access to the active site and to associate with the protein-bound metal ion. This observation is indicative of CPA's active site being PAR-inaccessible in the native state but becoming PAR-accessible in the folding intermediate. Taken together, the current study demonstrates the usefulness of PAR as a simple spectrophotometric tool to assess structural changes during the unfolding of CPA and potentially other zinc proteins. Hence, zinc accessibility probes (ZAPs) such as PAR may find utility in gaining further insight into the mechanism(s) of metalloprotein folding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».