Copy Number Variation and Haplotype Analysis of <scp>17q21.31</scp> Reveals Increased Risk Associated with Progressive Supranuclear Palsy and Gene Expression Changes in Neuronal Cells
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The 17q21.31 region with various structural forms characterized by the H1/H2 haplotypes and three large copy number variations (CNVs) represents the strongest risk locus in progressive supranuclear palsy (PSP). OBJECTIVE: To investigate the association between CNVs and structural forms on 17q.21.31 with the risk of PSP. METHODS: Utilizing whole genome sequencing data from 1684 PSP cases and 2392 controls, the three large CNVs (α, β, and γ) and structural forms within 17q21.31 were identified and analyzed for their association with PSP. RESULTS: We found that the copy number of γ was associated with increased PSP risk (odds ratio [OR] = 1.10, P = 0.0018). From H1β1γ1 (OR = 1.21) and H1β2γ1 (OR = 1.24) to H1β1γ4 (OR = 1.57), structural forms of H1 with additional copies of γ displayed a higher risk for PSP. The frequency of the risk sub-haplotype H1c rises from 1% in individuals with two γ copies to 88% in those with eight copies. Additionally, γ duplication up-regulates expression of ARL17B, LRRC37A/LRRC37A2, and NSFP1, while down-regulating KANSL1. Single-nucleus RNA-seq of the dorsolateral prefrontal cortex analysis reveals γ duplication primarily up-regulates LRRC37A/LRRC37A2 in neuronal cells. CONCLUSIONS: The copy number of γ is associated with the risk of PSP after adjusting for H1/H2, indicating that the complex structure at 17q21.31 is an important consideration when evaluating the genetic risk of PSP. © 2025 The Author(s). Movement Disorders published by Wiley Periodicals LLC on behalf of International Parkinson and Movement Disorder Society.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».