Interlaboratory Performance Study of Cyanobacteria <scp>DNA</scp> Reference Materials Using a <scp>qPCR</scp> Format for Monitoring Cyanobacterial Blooms
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Digital PCR (dPCR) has increasingly been used as a primary measurement method for the characterization of nucleic acid reference materials. Nucleic acid reference materials are particularly useful when used for the validation and calibration of quantitative PCR (qPCR). In this study, we describe the development and characterization of Cyanobacteria DNA reference materials (RM) using dPCR. An international interlaboratory study involving 14 laboratories was conducted using the Cyanobacteria DNA RM in combination with a lyophilized PCR reagent designed for the monitoring of Cyanobacteria bloom events. Of the 55 scored study results obtained using qPCR‐based techniques, 62% were within the 8% relative expanded uncertainty based on dPCR measurements, while 100% of the study results returned satisfactory z scores calculated using a set performance coefficient of variation equivalent to one Ct value. The study participants' results indicate that the cyanobacteria DNA RM is fit for the purpose of method validation and quality control of the qPCR format used for monitoring toxic cyanobacteria algae bloom events. Most importantly, the study results demonstrated that the use of standardized reagents combined with highly characterized nucleic acid RMs allows qPCR‐based DNA quantification technology to reach levels of accuracy and reproducibility comparable to those achieved with digital PCR technology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,042 | 0,033 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».