A Base Pair Outside the Catalytic Core of the I‐R3 DNA Enzyme Has a Significant Effect on Its Cleavage Activity: An Improved Catalytic Core Model and an Automated Design Program
Notice bibliographique
Résumé
The I‐R3 DNA enzyme, in its trans ‐acting form, is capable of cleaving single‐stranded DNA (ssDNA) molecules. We have collected all published information on the activity levels of the original I‐R3 DNA enzyme and its known variants and embedded that information into a program (we called IR3 ). The program was applied to the sequences of a set of ssDNA viruses and identified all potential catalytic core substrates (targets) and output optimal I‐R3 DNA enzyme sequences for all the targets, along with expected activity levels of the enzymes at those targets. Upon experimentally measuring the in vitro cleavage activities of the I‐R3 variants, we found marked differences between the program‐predicted and experimentally measured values. This demonstrated the incompleteness of the I‐R3 model: The sequence of the nucleotides of the catalytic core is not sufficient to fully determine its activity level. A set of experiments was carried out in which the effect of all possible combinations of Watson–Crick base pairs at two positions near the catalytic core, termed S I and S II , was tested. To confirm a newly formed hypothesis, the nucleotide at the S II position of the enzyme strand was mutated to a G and a T, with the substrate strand mutated accordingly. In every case, this led to an increase in relative activity when changed to a G and a decrease, when changed to a T, of the variant I‐R3 DNA enzyme. Clearly, the discovered base pair peripheral to the catalytic core has a substantial effect on cleavage activity. This improves the current model of essential nucleotides, and the IR3 software outputs I‐R3 enzyme‐sequence recommendations that make them more likely to cleave their targets. The software is available for download at https://github.com/XinxinTree/IR3.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».