Involvement of Toxoplasma gondii natural antisense transcripts in cellular stress responses
Notice bibliographique
Résumé
Natural antisense transcripts (NATs), as a major subset of long non-coding RNAs (lncRNAs), are derived from every chromosome of Toxoplasma gondii , with the highest occurrence from ChrIa (18.4 NATs per Mbp) and the lowest from ChrIX (3.9 NATs per Mbp). GO analysis indicates that genes, which mRNA-NAT pairs are derived, are important for house-keeping and essential activities of T. gondii . Approximately half of protein encoding genes, whose loci also generate NATs, are involved in biological processes of metabolic processes and protein biochemistry and have canonical catalytic or binding activities. Using NAT of ubiquitin-like protease 1 ( TgUlp1 -NAT) as our study model, we showed that TgUlp1 -NAT expression is part of cellular stress responses. Using a nanoluc reporter system, we confirmed that electroporation or membrane destabilization significantly induced TgUlp1 -NAT expression. When the extracellular parasites were exposed to media containing high potassium, high sodium or altered osmotic pressure, TgUlp1 -NAT expression was significantly down-regulated. In addition, two TgUlp1 -NAT variants were detected in stressed T. gondii . One is an intron-retained variant, and the other is a spliced variant, referred to as TgUlp1 -NATa and TgUlp1 -NATb, respectively. The intronic sequence is 368 nts long, where regulatory small ncRNAs were derived. Taken together, we have confirmed that NAT expressions and functions are involved in cellular adaptation that allows T. gondii recover from stresses. • Natural antisense transcripts are abundant in Toxoplasma gondii genome (∼ 12 per Mbp) • ∼50% of Toxoplasma natural antisense transcripts ( Tg NATs) have 3’-overlapping with mRNA • Membrane destabilization and the change in salinity and osmotic pressure significantly alter TgUlp1 -NAT expression • Under stresses, alternative splicing of TgUlp1 -NAT yields two transcript variants
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».