Gut microbiome predictors of advanced therapy response in Crohn’s disease: protocol for the OPTIMIST prospective, longitudinal, observational pilot study in Canada
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Inflammatory bowel disease (IBD), including Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis, is characterised by chronic and relapsing inflammation of the gastrointestinal tract, leading to significant morbidity and reduced quality of life. The global rise in IBD incidence is driven by a complex interplay of genetic, environmental, dietary and microbiome-related factors. Despite advancements in treatment, such as biologics, response rates remain variable, highlighting the need for personalised approaches. Recent research suggests that specific microbiome signatures may serve as biomarkers for predicting therapeutic efficacy, offering a potential tool for optimising treatment strategies in CD. The aim of the Optimising IBD Patient Treatment with Integrated Microbiome Investigation for Specialised Therapeutics (OPTIMIST) study is to evaluate microbiome profiles across various sample types in a Canadian CD cohort starting or already on advanced therapy, with the goal of developing predictive models for personalised therapeutics. METHODS AND ANALYSIS: This study is a two-phase, longitudinal, prospective observational pilot study conducted in British Columbia, Canada, involving both CD patients and non-IBD controls. Phase 1 focuses on baseline microbiome differences across participant cohorts through cross-sectional analysis. Phase 2 follows participants over 12 months to assess microbiome changes and their association with treatment response. Stool samples, intestinal biopsies from the left colon, right colon and ileum, as well as mucosal wash samples from the proximal part of the distal colon, will undergo metagenomics, metaproteomics and metabolomics analyses to explore compositional and functional differences. Data will be analysed using alpha and beta diversity metrics, differential abundance analyses and multivariate analyses to identify microbiome-based predictors of therapeutic response. ETHICS AND DISSEMINATION: Ethical approval was received by the Research Ethics Board (REB) of University of British Columbia-Providence Healthcare (UBC-PHC) with a REB number H23-02927. All amendments to the protocol are reported and adapted based on the requirements of the REB. The results of this study will be submitted to peer-reviewed journals and will be communicated in editorials/articles by the IBD Centre of BC and BC Children's Hospital Research Institute. TRIAL REGISTRATION NUMBER: NCT06453720. PROTOCOL VERSION: 2024-06-21, version 3.0.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,017 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,007 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,016 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».