Reviewer #2 (Public review): Genome organization by SATB1 binding to base-unpairing regions (BURs) provides a scaffold for SATB1-regulated gene expression
Notice bibliographique
Résumé
Mammalian genomes are organized by multi-level folding, yet how this organization contributes to cell type-specific transcription remain unclear. We uncovered that the nuclear protein SATB1 establishes two-tiered chromatin organization, one through indirect binding and another by direct binding of base-unpairing regions (BURs), which are genomic elements with high unwinding propensities. Published ChIP-seq datasets show SATB1 binding to highly accessible chromatin at enhancers and CTCF sites, but not to BURs. By employing urea ChIP-seq, which retains only directly bound protein:DNA complexes, we found that BURs, but not CTCF sites, are direct SATB1 binding targets. SATB1-bound BUR interactions with accessible chromatin can cross multiple topologically associated domains (TADs) and SATB1 is required for these megabase-scale interactions linked to cell type-specific gene expression. BURs are mainly found within lamina associated domains (LADs) sequestered at the nuclear lamina, but also in inter-LADs, and SATB1 binds a subset of BURs depending on cell type. Notably, despite the mutually exclusive SATB1-binding profiles uncovered by the two ChIP-seq methods, we found most peaks in both profiles are real and require SATB1. Together, we propose that SATB1 has functionally distinct modes of chromatin interaction by directly binding BURs to form a chromatin scaffold to which it indirectly tethers open chromatin. Such chromatin organization may provide a gene-regulatory network underlying cell type-specific gene expression.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,024 | 0,151 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,008 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,018 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,110 | 0,051 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».