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Enregistrement W4408429499 · doi:10.1038/s42003-025-07875-6

Enhanced insights into the genetic architecture of 3D cranial vault shape using pleiotropy-informed GWAS

2025· article· en· W4408429499 sur OpenAlexaff
Seppe Goovaerts, Sahin Naqvi, Hanne Hoskens, Noah Herrick, Meng Yuan, Mark D. Shriver, John R. Shaffer, Susan Walsh, Seth M. Weinberg, Joanna Wysocka, Peter Claes

Notice bibliographique

RevueCommunications Biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueMorphological variations and asymmetry
Établissements canadiensAlberta Children's Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchNational Institute of Mental HealthU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthFonds Wetenschappelijk OnderzoekVlaamse regeringVlaams Supercomputer Centrum
Mots-clésCranial vaultCraniofacialGenetic architectureGenome-wide association studyBiologyPleiotropyEvolutionary biologyComputational biologyGeneticsSkullAnatomyQuantitative trait locusPhenotypeSingle-nucleotide polymorphismGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Large-scale GWAS studies have uncovered hundreds of genomic loci linked to facial and brain shape variation, but only tens associated with cranial vault shape, a largely overlooked aspect of the craniofacial complex. Surrounding the neocortex, the cranial vault plays a central role during craniofacial development and understanding its genetics are pivotal for understanding craniofacial conditions. Experimental biology and prior genetic studies have generated a wealth of knowledge that presents opportunities to aid further genetic discovery efforts. Here, we use the conditional FDR method to leverage GWAS data of facial shape, brain shape, and bone mineral density to enhance SNP discovery for cranial vault shape. This approach identified 120 independent genomic loci at 1% FDR, nearly tripling the number discovered through unconditioned analysis and implicating crucial craniofacial transcription factors and signaling pathways. These results significantly advance our genetic understanding of cranial vault shape and craniofacial development more broadly.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,141
Score d'incertitude au seuil0,308

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,054
Tête enseignante GPT0,355
Écart entre enseignants0,301 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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