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Enregistrement W4408457120 · doi:10.1186/s13059-025-03499-5

A single-nucleus and spatial transcriptomic atlas of the COVID-19 liver reveals topological, functional, and regenerative organ disruption in patients

2025· article· en· W4408457120 sur OpenAlexaff
Yered Pita-Juárez, Dimitra Karagkouni, Nikolaos Kalavros, Johannes C. Melms, Sebastian Niezen, Toni Delorey, Adam L. Essene, Olga R. Brook, Deepti Pant, Disha Skelton-Badlani, Pourya Naderi Yeganeh, Pinzhu Huang, Liuliu Pan, Tyler Hether, Tallulah Andrews, Carly G.K. Ziegler, Jason Reeves, Andriy Myloserdnyy, Rachel Chen, Andy Nam, Stefan Phelan, Yan Liang, Mark Gregory, Shanshan He, Michael J. Patrick, Tushar D. Rane, Aster Wardhani, Amit Dipak Amin, Jana Biermann, Hanina Hibshoosh, Molly Veregge, Zachary Kramer, Christopher Jacobs, Yusuf Yalcin, Devan Phillips, Michal Slyper, Ayshwarya Subramanian, Orr Ashenberg, Zohar Bloom‐Ackermann, Victoria M. Tran, James Gomez, Alexander Sturm, Shuting Zhang, Stephen J. Fleming, Sarah Warren, Joseph Beechem, Deborah T. Hung, Mehrtash Babadi, Robert F. Padera, Sonya A. MacParland, Gary D. Bader, Nasser Imad, Isaac H. Solomon, Eric Miller, Stefan Riedel, Caroline Porter, Alexandra–Chloé Villani, Linus Tsai, Gyöngyi Szabó, Jonathan L. Hecht, Orit Rozenblatt–Rosen, Alex K. Shalek, Benjamin Izar, Aviv Regev, Yury Popov, Z. Gordon Jiang, Ioannis S. Vlachos

Notice bibliographique

RevueGenome biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensUniversity of TorontoCanada Research ChairsUniversity Health Network
Organismes subventionnairesOffice of Research Infrastructure Programs, National Institutes of HealthU.S. Food and Drug AdministrationNational Institute on Alcohol Abuse and AlcoholismNational Cancer InstituteNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésBiologyTranscriptomePhenotypeProgenitor cellCell biologyCellContext (archaeology)NecroptosisGene expression profilingCell typePathologyStem cellGene expressionProgrammed cell deathGeneGeneticsMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OpenAlex consigne un résumé pour ce travail, mais il n'a pas pu être récupéré à l'instant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,760
Score d'incertitude au seuil0,397

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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