Microbial community dynamics following riverbank erosion across permafrost floodplains in the Yukon River basin
Notice bibliographique
Résumé
Much of the organic-rich permafrost deposits in the Arctic lie in riverine floodplains where thaw due to polar amplification of climate change has accelerated bank erosion, leaving permafrost carbon deposits vulnerable to degradation by microorganisms. As sediments harbored in the riverbank erode, they are subjected to sediment transport processes, interact with the water column, and are eventually re-deposited in barforms on an opposing riverbank and incorporated to build new land with ensuing forest succession. Using a space-for-time substitution across these deposits and a suite of culture-independent amplicon and shotgun metagenomic sequencing of samples with ages from modern to several thousand years old collected from the Yukon River and its major tributary the Koyukuk River, we set out to understand microbial community succession associated with this process, and connect this with rates of carbon cycling in the subsurface. Because dioxygen is a special molecule concerning the fate of organic carbon in soils and sediments, we also developed a useful ’sequencing-as-sensing’ approach that leverages recent developments in protein language models to assess the time-integrated fraction of the microbial community capable of aerobic biology and oxidative attack of extracellular organic matter. Results revealed that permafrost deposits operate as a ‘seed bank’ that generates a pattern of succession toward an aerobic community capable of rapid carbon degradation during erosion and transport—a pattern that may help explain why carbon burial in river floodplains is so efficacious.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».