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Enregistrement W4408502235 · doi:10.1038/s41588-025-02121-5

The Farm Animal Genotype–Tissue Expression (FarmGTEx) Project

2025· review· en· W4408502235 sur OpenAlexaff
Lingzhao Fang, Jinyan Teng, Qing Lin, Zhonghao Bai, Shuli Liu, Dailu Guan, Bingjie Li, Yahui Gao, Yali Hou, Mian Gong, Zhangyuan Pan, Ying Yu, Emily L. Clark, Jacqueline Smith, Konrad Rawlik, Ruidong Xiang, Amanda J. Chamberlain, Michael E. Goddard, Mathew D. Littlejohn, Greger Larson, David E. MacHugh, John F. O’Grady, Peter Sørensen, Goutam Sahana, Mogens Sandø Lund, Zhihua Jiang, Xiangchun Pan, Wentao Gong, Haihan Zhang, Xi He, Yuebo Zhang, Ning Gao, Jun He, Guoqiang Yi, Yuwen Liu, Zhonglin Tang, Pengju Zhao, Yang Zhou, Liangliang Fu, Xiao Wang, Dan Hao, Lei Liu, Siqian Chen, Robert S. Young, Xia Shen, Charley Xia, Hao Cheng, Li Ma, John B. Cole, R.L. Baldwin, Congjun Li, Curtis P. Van Tassell, Benjamin D. Rosen, Nayan Bhowmik, Joan K. Lunney, Wansheng Liu, Leluo Guan, Xin Zhao, Eveline M. Ibeagha‐Awemu, Yonglun Luo, Lin Lin, Oriol Canela‐Xandri, Martijn F. L. Derks, R.P.M.A. Crooijmans, Marta Gòdia, Ole Madsen, Martien A. M. Groenen, James E. Koltes, Christopher K. Tuggle, Fiona McCarthy, Dominique Rocha, Elisabetta Giuffra, Marcel Amills, Alex Clop, María Ballester, Gwenola Tosser‐Klopp, Jing Li, Chao Fang, Qishan Wang, Zhuocheng Hou, Q.K. Wang, Fuping Zhao, Lin Jiang, Guiping Zhao, Zhengkui Zhou, Rong Zhou, Liu Hehe, Juan Deng, Long Jin, Mingzhou Li, Delin Mo, Xiaohong Liu, Yaosheng Chen, Xiaolong Yuan, Jiaqi Li, Shuhong Zhao, Yi Zhang, Xiangdong Ding, Dongxiao Sun, Hui‐Zeng Sun, Cong Li, Yu Wang, Yu Jiang, Dong‐Dong Wu, Wenwen Wang, Xinzhong Fan, Qin Zhang, Kui Li, Hao Zhang, Ning Yang, Xiaoxiang Hu, Wen Huang, Jiuzhou Song, Yang Wu, Jian Yang, Weiwei Wu, Claudia Kasper, Xinfeng Liu, Xiaofei Yu, Leilei Cui, Xiang Zhou, Se Young Kim, Wei Li, Hae Kyung Im, Edward S. Buckler, Bing Ren, Michael C. Schatz, Jingyi Jessica Li, Abraham A. Palmer, Laurent Frantz, Huaijun Zhou, Zhe Zhang, George E. Liu

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2025
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and phenotypic traits in livestock
Établissements canadiensUniversity of AlbertaAgriculture and Agri-Food CanadaMcGill UniversityUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Food and AgricultureAarhus UniversitetDirectorate for Biological SciencesCarnegie Mellon UniversityU.S. Department of Agriculture
Mots-clésBiologyGenotypeExpression (computer science)GeneticsComputational biologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,022

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,312 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations43
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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