The ALPL gene variant project: results of the first 100 reclassified variants
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Hypophosphatasia (HPP) is an inherited disorder that affects bone and tooth mineralization, among other body systems. HPP is caused by pathogenic variants in the alkaline phosphatase-liver (ALPL) gene, which encodes tissue nonspecific alkaline phosphatase. One major challenge in diagnosing HPP is interpreting variant of uncertain significance (VUS), which can create uncertainty for patients and healthcare professionals, leading to delays in diagnosis and treatment or incorrect diagnoses. Since February 2021, the ALPLgene variant consortium has reclassified 100 VUS using adjusted American College of Medical Genetics/Association for Molecular Pathology criteria. Of these, 11 were reclassified as pathogenic, 62 as likely pathogenic, three as likely benign, one as benign, and 23 remained as VUS; out of 100 variants, there were 81 missense, eight frameshifts, four in-frame deletions, two intronic, two synonymous, two nonsense, and one splice site variant. In vitrofunctional testing of the variant’s residual enzymatic activity and its dominant negative effect (DNE) was required for 40 variants.Out of 40 variants tested, 72% showed <30% residual activity and were reclassified as pathogenic or likely pathogenic. Among these, 48% exhibited a DNE. All variants with ˂15% residual activity showed a DNE, while those with over 20% did not. In terms of domains, all tested variants in the active site domain and 75% of those in the homodimeric interface showed <30% residual activity. The consortium’s reclassification of 100 ALPLvariants has resulted in a 21% increase in the number of variants in the Johannes Kepler University ALPLgene variant database. Furthermore, 136 new genotypes with 118 associated phenotypes, including asymptomatic states, have been added. These expanded resources will help improve genetic counseling for patients and families affected by ALPLvariants and enable faster diagnosis and medical decision-making.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle