Unveiling the hidden threat: whole-genome sequencing of Ochrobactrum anthropi and Empedobacter brevis from vended foods and naira notes in Southwest Nigeria—implications for food safety and virulence
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Foodborne illnesses remain a pressing public health issue, particularly in developing countries such as Nigeria, where food vendors often operate without adequate regulatory oversight. This study investigated the prevalence of Ochrobactrum anthropi and Empedobacter brevis in food samples and circulating Naira notes within Ondo State, Nigeria. Methods A total of 462 samples, including various food matrices and Naira notes, were collected from urban areas in the three Senatorial districts of Ondo State, Southwest Nigeria. Whole-genome sequencing (WGS) was employed to analyse the genetic composition, virulence factors, and antimicrobial resistance profiles of the bacterial strains. Results O. anthropi had a genome size of 20.57 Mb with 21,664 coding sequences (CDSs), whereas E. brevis presented significant genomic contiguity, with a contig N50 of 1005 kb. The aminoglycoside resistance genes gidB and ANT(6)-1 ( Empedobacter brevis NZ_CP013210.1) aadK and ANT(6)-1 ( Ochrobactrum anthropi ATCC 49188) were mostly detected. Ochrobactrum anthropi ATCC 49188) encodes virulent metabolic and stress response genes ( alkA, ansC, aroC, and arsR6), amino acid and protein synthesis genes ( aspB and aspC) and uncharacterized novel genes ( BMEI0066, BMEI0085, and BMEI1809 ). Conclusions The presence of these potential bacterial pathogens in food samples and Naira notes underscore the critical intersection between food safety practices and microbial contamination, which emphasizes the urgent need for improved food safety protocols in Ondo State. Targeted interventions are recommended to mitigate the risks associated with these virulent pathogens, particularly through enhanced surveillance and education for food handlers and consumers, which is effective in combatting foodborne diseases linked to antimicrobial-resistant pathogens.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».