Understanding wood decay diseases in western redcedar through development of ITS-sequencing and qPCR assays
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Root and butt rot diseases cause high rates of wood decay in living stands of western redcedar (WRC; Thuja plicata Donn), one of the most valuable forest species in western North America. However, WRC susceptibility and the virulence of wood-decay-causing fungal pathogens are understudied, presenting a high risk for the WRC forest industry. To evaluate susceptibility of WRC to root and butt rot diseases and decay incidence, four pathogenic fungi, including Armillaria ostoyae , Coniferiporia weirii , Heterobasidion occidentale , and Perenniporia subacida , were used to inoculate WRC seedlings using two artificial methods. Next-generation sequencing (NGS) of internal transcribed spacer (ITS) region of the nuclear ribosomal DNA (rDNA) and quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assays were developed to evaluate successful infection through detection of targeted pathogens inside the WRC tissues while development of disease was assessed by visual observation of wood decay. Disease incidence rates ranged from 20% to 60% while infection rates ranged from 80% to 100%, validating the effectiveness of the inoculation protocols. The qPCR assays designed with species-specific primers were validated for quantification of absolute abundance of C. weirii inside WRC host tissues with high sensitivity and specificity. These newly developed qPCR assays provide rapid, cost-effective, and accurate tools to detect early infection and latent infection in asymptomatic trees, with wide potential applications for surveillance of C. weirii -caused wood decay disease in greenhouse and field studies, as well as for screening of disease resistance in WRC breeding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».