New methods on the block: Taxonomic identification of archaeological bones in resin-embedded sediments through palaeoproteomics
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The integration of biomolecular studies of past organisms with geoarchaeological studies can significantly improve our understanding of the relative chronology and context of archaeologically (in)visible behaviours. However, the complexity and sedimentological heterogeneity of archaeological deposits at a microscopic scale is often not taken into consideration in biomolecular studies. Here, we investigate the preservation and retrieval of palaeoproteomic data from bone fragments embedded in Pleistocene resin-impregnated sediment blocks. We show that resin impregnation has minimal effect on skeletal protein taxonomic identifications in modern skeletal material, but observe an increase in oxidation-related post-translational modifications. We then successfully retrieve proteins from resin-impregnated blocks from the Palaeolithic sites of Bacho Kiro Cave, La Ferrassie and Quinçay. The taxonomic identifications of minute bones encased in resin are in line with previous analyses of the faunal communities of these sites, with a diversity of taxa ( Bos sp./ Bison sp., Equus sp., Ursus sp., and Caprinae) observed at a microscale in Bacho Kiro. This differs from results from La Ferrassie where most of the samples are identified as a single taxon ( Bos sp./ Bison sp.) across different areas of the site. The block from Quinçay only provided taxonomic identification of two out of eleven bone-derived samples, likely due to diagenesis. Our work indicates that palaeoproteomes can be retrieved from bone fragments at a microstratigraphic resolution, enabling the detailed study of faunal community composition at a scale that more closely matches that of past human occupations. Significance Statement Resin-embedded sediment blocks are widely used in archaeology and soil sciences to reconstruct past environments and human behavior, but their potential for biomolecular analysis is underexplored. Here, we demonstrate that ancient proteins can be successfully retrieved from bone fragments embedded in resin-impregnated sediment blocks from Pleistocene archaeological sites. Our findings show that resin impregnation has a minimal impact on protein recovery and that palaeoproteomics enables taxonomic identification of Pleistocene bone fragments at a microstratigraphic scale. This approach allows for reconstructing past faunal communities with unprecedented detail, improving our understanding of ancient ecosystems and the environmental contexts of early hominin occupations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».