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Enregistrement W4408611484 · doi:10.1371/journal.pbio.3003070

The IBEX Knowledge-Base: A central resource for multiplexed imaging techniques

2025· article· en· W4408611484 sur OpenAlexafffund
Andrea J. Radtke, Ifeanyichukwu U. Anidi, Leanne Arakkal, Armando Arroyo-Mejías, Rebecca T. Beuschel, Katy Börner, Colin J. Chu, Beatrice Clark, Menna R. Clatworthy, Jake Colautti, Fabian Coscia, Joshua Croteau, Saven Denha, Rose Dever, Walderez O. Dutra, Sonja Fritzsche, Spencer Fullam, Michael Y. Gerner, Anita Gola, Kenneth J. Gollob, Jonathan M. Hernandez, Jyh Liang Hor, Hiroshi Ichise, Zhixin Jing, Danny Jonigk, Evelyn Kandov, Wolfgang Kastenmüller, Joshua F. E. Koenig, Rosa K Kortekaas, Aanandita Kothurkar, Alexandra Y. Kreins, Ian T. Lamborn, Yuri Lin, Kátia L.P. Morais, Aleksandra Lunich, Jean CS Luz, Ryan B. MacDonald, Chen Makranz, Vivien I. Maltez, John E. McDonough, Ryan V. Moriarty, Juan Moisés Ocampo‐Godínez, Vitoria M Olyntho, Annette Oxenius, Kartika Padhan, Kirsten Remmert, Nathan Richoz, Edward C. Schrom, Wanjing Shang, Lihong Shi, Rochelle M. Shih, Emily Speranza, Salome Stierli, Sarah A. Teichmann, Tibor Z. Veres, Megan Vierhout, Brianna T. Wachter, Adam K. Wade‐Vallance, Margaret Williams, Nathan Zangger, Ronald N. Germain, Ziv Yaniv

Notice bibliographique

RevuePLoS Biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensSt. Joseph’s Healthcare HamiltonMcMaster University
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Cancer InstituteNIHR Cambridge Biomedical Research CentreWellcome TrustBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Institutes of HealthInstituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Doenças TropicaisCommon FundConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoInstituto Politécnico NacionalNational Institute of General Medical SciencesInstitute of Circulatory and Respiratory HealthDivision of Intramural Research, National Institute of Allergy and Infectious DiseasesNHS Blood and TransplantNational Institute for Health and Care ResearchBundesministerium für Bildung und ForschungInstitute of Infection and ImmunityFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloConsejo Nacional de Ciencia y TecnologíaJ.P. Bickell FoundationFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas GeraisCanadian Allergy, Asthma and Immunology FoundationCanadian Institutes of Health ResearchDamon Runyon Cancer Research Foundation
Mots-clésBiologyResource (disambiguation)Knowledge baseComputational biologyMultiplexingResource useData scienceComputer scienceArtificial intelligenceEnvironmental resource management

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Multiplexed imaging is a powerful approach in spatial biology, although it is complex, expensive and labor-intensive. Here, we present the IBEX Knowledge-Base, a central resource for reagents, protocols and more, to enhance knowledge sharing, optimization and innovation of spatial proteomics techniques.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,420
Score d'incertitude au seuil0,418

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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