Genetic and Epigenetic Changes in Arabidopsis thaliana Exposed to Ultraviolet-C Radiation Stress for 25 Generations
Notice bibliographique
Résumé
Continuous exposure to stress contributes to species diversity and drives microevolutionary processes. It is still unclear, however, whether epigenetic changes, in the form of epimutations such as, for example, differential DNA methylation, are the pre-requisite to speciation events. We hypothesized that continuous stress exposure would increase epigenetic diversity to a higher extent than genetic diversity. In this work, we have analyzed the effect of 25 consecutive generations of UV-C-stress exposure on the Arabidopsis thaliana genome and epigenome. We found no evidence of increased tolerance to UV-C in the progeny of UV-C-stressed plants (F25UV) as compared to the progeny of control plants (F25C). Genetic analysis showed an increased number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and deletions in F25UV plants. Most common SNPs were mutations in cytosines, C to T, C to A, and C to G. Analysis of cytosine methylation showed a significant increase in the percentage of methylated cytosines at CG context in F25UV as compared to F25C or F2C (parental control). The most significant differences between F25UV and either control group were observed in CHG and CHH contexts; the number of hypomethylated cytosines at CHH contexts was over 10 times higher in the F25UC group. F25UV plants clustered separately from other groups in both genomic and epigenomic analyses. GO term analysis of differentially methylated genes revealed enrichments in “DNA or RNA metabolism”, “response to stress”, “response to biotic and abiotic stimulus”, and “signal transduction”. Our work thus demonstrates that continuous exposure to UV-C increases genomic and epigenomic diversity in the progeny, with epigenetic changes occurring in many stress-responsive pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».