Mapping the structural heterogeneity of Pup ligase PafA using H/D exchange mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
The Pup-proteasome system (PPS) is a unique bacterial proteolytic pathway found in some bacterial species, including in Mycobacterium tuberculosis , that plays a vital role in maintaining proteome integrity and survival during infection. Pupylation is the process of tagging substrates with Pup for degradation and is catalyzed by PafA, the sole Pup ligase in bacteria. However, how PafA interacts with diverse targets and its oligomeric state remains poorly understood. Although X-ray crystal structures have characterized PafA as a domain-swapped dimer, it is widely regarded as functionally active in its monomeric form. It remains to be established whether PafA dimerizes in solution, and how dimerization influences its function. In this study, we employed hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) alongside complementary biophysical techniques to explore the oligomeric states and conformational dynamics of PafA. We show that recombinantly-produced PafA exists in a monomeric and a domain-swapped dimeric state in solution. Although nucleotide binding stabilizes PafA dimer , it primarily adopts a catalytically inactive conformation. Our HDX-MS highlighted regions throughout the N- and C-terminal domains that facilitate the PafA dimerization process. HDX-MS also revealed nucleotide binding induces global conformational changes on PafA monomer , underscoring the structural plasticity of this promiscuous enzyme. Our findings enhance our understanding of the structural and conformational heterogeneity of PafA and demonstrate how nucleotide binding and dimerization may influence its function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».