Investigation of the HLA locus in autopsy-confirmed progressive supranuclear palsy
Notice bibliographique
Résumé
Progressive supranuclear palsy (PSP) is a neurodegenerative disease showing pathological tau accumulation in subcortical neurons and glial cells. The human leukocyte antigen ( HLA ) locus on chromosome 6 is a polymorphic region with complex linkage patterns that has been implicated in several autoimmune and neurological disorders. The HLA locus has not been systematically examined in PSP. It is unclear whether tau and HLA can interact to induce an autoimmune disease mechanism. We evaluated an autopsy confirmed PSP cohort ( n = 44) and compared allele/haplotype frequencies to those of the reference group of a local deceased Canadian donor pool. We performed HLA-Tau peptide binding prediction and modelling of HLA Class II – Tau Peptide interactions. Odds ratio was 2.94 (95 % CI 1.01 to 8.55; p = 0.047) for DQB1 *06:01 allele, and 2.59 (95 % CI 1.39 to 4.83; p = 0.0025) for the narcolepsy-associated haplotype ( DRB1 *15:01- DQB1 *06:02). One patient with 4-repeat tau PSP-type pathology was a carrier of the IgLON5-associated haplotype ( DRB1 *10:01- DQB1 *05:01). HLA-Tau peptide binding prediction and modelling of HLA Class II – Tau Peptide interactions revealed strong-binding tau peptides but not the PSP-protofilament fold for alleles DQA1* 01:02-DQB1* 06:02 and DQA1* 01:03-DQB1* 06:01. Our study suggests that epitopes within the tau peptide may bind to HLA alleles that are found in a subset of PSP patients supporting the notion of an autoimmune pathophysiological component. These findings have implications for subtyping and stratifying patients for therapies, including those targeting immune modulation. • Progressive supranuclear palsy (PSP) is a neurodegenerative tauopathy. • The human leukocyte antigen ( HLA ) has been implicated in neurological disorders. • Evaluation of autopsy confirmed PSP cases revealed rare HLA haplotypes and alleles. • Modelling showed epitopes within the tau peptide that may bind to these HLA alleles. • We propose that PSP may have an autoimmune pathophysiological component.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».