Molecular and WGS-based characterization of invasive Neisseria meningitidis isolates collected in Belgium (2016–2022) and MenB-FHbp vaccine coverage estimation of serogroup B
Notice bibliographique
Résumé
Invasive meningococcal disease (IMD) caused by Neisseria meningitidis can result in life-threatening meningitis and septicaemia. There are twelve serogroups of N. meningitidis , but most cases of IMD are caused by serogroups A, B, C, W, X and Y. In Europe, serogroup B (MenB) accounts for 51 % of documented cases as recently reported by the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). As a major cause of IMD, genomic surveillance of circulating MenB strains and assessment of the potential impact of vaccination programs could help inform public health policy. In this study, a collection of 493 strains was analysed, collected in Belgium by the National Reference Centre between 2016 and 2022. Slide agglutination was used for serogroup determination and whole genome sequencing (WGS) was used to further characterize these strains. The observed serogroups were: MenB ( n = 281), MenY ( n = 95), MenW ( n = 83), MenC ( n = 30), non-groupable isolates (n = 2), MenE ( n = 1) and MenX (n = 1). A higher prevalence of MenY and MenW was observed in older adults. MenB isolates were grouped into 110 sequence types (STs), 89 of which belonged to 16 clonal complexes (CCs). Coverage of the MenB-FHbp vaccine (Trumenba, bivalent rLP2086; Pfizer Inc., New York, NY, USA ipv Philadelphia) was predicted using the Meningococcal Deduced Vaccine Antigen Reactivity (MenDeVAR) index. Of the 281 MenB strains collected between 2016 and 2022, 89.1 % (lower limit – upper limit: 78.6–100.0 %) were predicted by MenDeVAR to be covered by the vaccine. This study highlights the benefits of a pathogen surveillance program and the need for experimental characterization of continuously evolving antigenic variants. • MenB was the leading cause of IMD in individuals under 65 years of age in Belgium from 2016 to 2022. • Increased prevalence of MenY and MenW observed in older adults. • High diversity of MenB isolates circulating in Belgium, with 110 STs detected, including 32 novel STs. • MenDeVAR predicts a coverage of 89.1 % for the MenB-FHbp vaccine (range: 78.6 % - 100.0 %).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».