Intercepting a Mycobacterial Biosynthetic Pathway with Covalent Labeling
Notice bibliographique
Résumé
The mycobacterial cell envelope plays both infectious and protective roles. Understanding its structure is crucial for unlocking the molecular basis underlying these functions. Studying glycans, the primary components of the cell envelope, is challenging due to their limited native functional handles for chemoselective modification. New labeling methods exploit biorthogonal chemistry, using small molecule mimics that intercept cellular metabolism or late-stage glycan biosynthesis. However, these strategies can have practical limitations, including probe delivery and effectiveness. An ideal small molecule probe should be easily deployed and exploit the critical enzyme–substrate relationships of natural substrates. To this end, we developed a “probegenic” strategy to label mycobacteria. Our approach eliminates the need for explicit substrate mimicry, as the relevant functionality is revealed by a target enzyme. Specifically, we synthesized an azide-substituted trans- β-lactone probe (AzLac), which adopts a substrate-like structure upon covalent enzyme labeling. This probe is incorporated by mycolyltransferases into a core mycobacterial cell envelope glycan, including in the pathogen Mycobacterium tuberculosis . Unlike other probes of the cell envelope, AzLac facilitates selective covalent labeling of the inner leaflet of the mycomembrane. Using Corynebacterium glutamicum mycolyltransferase deletion strains, we implicated Cmt2 as the primary mycolyltransferase target. We leveraged the ability to modify the cell envelope by demonstrating that AzLac could be used to attach a DNA barcode to mycobacteria, which would help track infection dynamics. Thus, we expect AzLac will be a valuable means of monitoring and tracking the mycobacterial cell envelope. Moreover, we anticipate masking and revealing recognition motifs in probes can be applied to diverse cellular targets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».