Validation of a modified rapid test to detect the cefazolin inoculum effect in methicillin-susceptible <i>Staphylococcus aureus</i> from bloodstream infections in hospitals from North and Latin America
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The cefazolin inoculum effect (CzIE), defined here as a cefazolin MIC at high inoculum (107 colony-forming units/mL) ≥16 mg/L in MSSA, has been associated with less favourable clinical outcomes. However, detection of this phenotype is challenging in the clinical microbiology laboratory. We previously described modification of a rapid nitrocefin test using ampicillin disks rather than ampicillin powder for induction of the Staphylococcus aureus β-lactamase (BlaZ). OBJECTIVE: Evaluate the performance of the modified rapid nitrocefin test in a blinded fashion using MSSA isolates recovered from patients with bacteraemia. METHODS: We evaluated 200 MSSA isolates recovered from Latin American (LA) and North American (NA) hospitals (67 and 133 from NA and LA, respectively). The CzIE was determined using the modified rapid nitrocefin test with ampicillin disks and compared with MIC determination at high inoculum (gold standard). All isolates were subjected to whole-genome sequencing on an Illumina Hi-Seq platform. Performance metrics were calculated for the complete dataset and according to specific BlaZ types. RESULTS: The prevalence of the CzIE was 53% (105/200). Compared with the gold standard, the modified nitrocefin rapid test had a sensitivity of 96% and a specificity of 91.6%, with an overall accuracy of 94%. There were no false-positive results among blaZ-negative MSSA strains. CONCLUSIONS: The modified nitrocefin rapid test exhibited a robust performance to detect the CzIE in isolates from the Americas. This methodology is inexpensive and can be implemented in clinical microbiology laboratories around the world, including those with limited resources.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».