Precision Oncology Program (POP), an observational study using real-world data and imaging mass cytometry to explore decision support for the Molecular Tumor Board: study protocol
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Precision oncology aims to provide individualised treatment recommendations based on patient-specific characteristics. In this rapidly evolving field with increasing numbers of biomarkers and potential therapeutic targets, there is a growing unmet need for evidence guiding these individualised treatment recommendations. The Precision Oncology Program (POP) harnesses real-world data (RWD) and imaging mass cytometry (IMC) to evaluate the feasibility and utility of integrating different data modalities to inform personalised treatment recommendations. This program uses patient-matched clinicogenomic data and spatial single-cell proteomics analysis to support profiling-driven decision-making for patients with cancer at the Molecular Tumor Board. METHODS AND ANALYSIS: The collaborative POP project recruits patients across all tumour entities and stages at the Comprehensive Cancer Center Zurich (CCCZ). For patients in the POP, a clinically and molecularly matched cohort is identified within the nationwide (US-based) de-identified Flatiron Health-Foundation Medicine clinicogenomic database (CGDB). It assesses whether clinical, genomic and outcome data of the CGDB cohort can inform treatment recommendations. In addition, multiplexed imaging mass cytometry (IMC) is performed in formalin-fixed paraffin-embedded tissue to assess the potential impact of spatial proteomics on personalised treatment decisions. RWD and IMC information is reviewed in the Molecular Tumor Board to assess the potential impact of this information on therapy decisions. However, since this is an observational study, these additional recommendations remain nonprescriptive and will not be forwarded to the treating physician. ETHICS AND DISSEMINATION: The study is registered at ClinicalTrials.gov (NCT06680726) and approved by the Canton of Zurich Ethics Committee (Project ID: 2022-02289). Project-specific informed consent is obtained from all participants. Deceased patients may also be included. In this case, a signed general consent form must be available. Data privacy is ensured by unique patient numbers for pseudo-anonymised data. Study findings will be disseminated through international peer-reviewed journals, conferences, and direct communication with participants and relevant organisations. TRIAL REGISTRATION NUMBER: NCT06680726.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».