Quantitative phosphoproteomics reveals that nestin is a downstream target of dual leucine zipper kinase during retinoic acid-induced neuronal differentiation of Neuro-2a cells
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Dual leucine zipper kinase (DLK) is critical for neurite outgrowth in the developing nervous system and during nerve regeneration, but the underlying mechanisms remain largely unknown. To address this issue, we generated stable shRNA-mediated DLK-depleted Neuro-2a cell lines and analyzed their phosphoproteome after induction of neuronal differentiation by retinoic acid (RA). RESULTS: Here, we report the identification of 32 phosphopeptides that exhibited significant differences in relative abundance between control and DLK-depleted cells. Two of the most downregulated phosphopeptides identified after DLK depletion were derived from nestin, a type VI intermediate filament (IF) protein typically expressed in neural progenitor cells. The reduced abundance of these phosphopeptides in response to DLK knockdown was validated using parallel reaction monitoring (PRM)-based quantitative proteomics and paired with a concomitant reduction in nestin mRNA and protein expression, indicating that the decrease in nestin phosphorylation was due to a decrease in total nestin in DLK-depleted cells compared to control cells. This DLK-mediated regulation of nestin expression had no apparent effect on neurite formation because nestin knockdown alone was not sufficient to impair RA-induced neurite extension in parental Neuro-2a cells, and nestin overexpression failed to rescue the neurite outgrowth defect observed in DLK-depleted Neuro-2a cells. CONCLUSIONS: Together, these results demonstrate that nestin is a novel downstream target of DLK signaling but not a mediator of its ability to promote neurite outgrowth during neuronal differentiation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».